Wszechstronne Joy-Cony oferują wiele zaskakujących sposobów cieszenia się nimi. Dwa Joy-Cony mogą być używane niezależnie w każdej dłoni, albo razem jako jeden kontroler po włożeniu do uchwytu Joy-Con. Można je także podłączyć do głównej konsoli i używać ich w trybie przenośnym lub dzielić się nimi z przyjaciółmi, aby cieszyć się rozgrywką dla dwóch graczy. Każdy Joy-Con ma pełny zestaw przycisków i może być używany jako cały kontroler. W każdym znajduje się także przyspieszeniomierz i żyroskopowy czujnik ruchu, co pozwala na niezależne od siebie ruchy prawym i lewem Joy-Conem.

Na lewym Joy-Conie znajduje się przycisk Capture Button, który gracze mogą wcisnąć, aby momentalnie wykonać zrzut ekranu swojej rozgrywki i podzielić się nim ze znajomymi w mediach społecznościowym.

W prawym Joy-Conie znajduje się czytnik NFC, co pozwala na interakcję z figurkami amiibo, a także czujnik ruchu IR, który potrafi rozpoznać odległość, kształt oraz ruch przedmiotów znajdujących się w pobliżu dla specjalnie zaprojektowanych gier. Przykładowo, potrafi on powiedzieć, jak daleko znajduje się ręka gracza, a także, czy gracz pokazuje nią papier, kamień czy nożyce.