Akcja gry "S.T.A.L.K.E.R.: Call of Pripyat" ma miejsce niedługo po wydarzeniach z gry "S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl". Dowiedziawszy się, że droga do serca Zony stoi otworem, rząd decyduje się przeprowadzić operację militarną na wielką skalę o nazwie "Fairway", której celem jest zdobycie kontroli nad CNPP.

Pierwszy etap planu zakłada przeprowadzenie zwiadu powietrznego celem stworzenia mapy wszystkich pól anomalii. Wkrótce potem główne siły wojskowe mają zostać rozlokowane na terytorium Zony. Mimo drobiazgowych przygotowań operacja kończy się porażką. Większość lecących w awangardzie śmigłowców rozbija się. Aby ustalić przyczyny katastrofy, ukraińska służba bezpieczeństwa wysyła do Zony agenta.