Historia opowiedziana w Beautiful Desolation rozpoczyna się w 1980 roku, kiedy to na niebie pojawił się tajemniczy monolit. Konstrukcja obcego pochodzenia, ochrzczona przez ludzi mianem Penrose, została gruntownie przebadana przez naukowców, a zgromadzoną na niej technologię poddano tak zwanej inżynierii wstecznej. Dzięki temu ludzkość wykonała niewyobrażalny skok cywilizacyjny. Choć początkowo ziemska populacja wydawała się zjednoczona w obliczu niezwykłego odkrycia, z czasem przypomniały o sobie dawne zatargi, co w krótkim czasie doprowadziło do wybuchu globalnego konfliktu.
Źródło: https://www.gry-online.pl/gry/beautiful-desolation/z94b30

Od tych tragicznych w skutkach wydarzeń minęło wiele lat. Gracz trafia do postapokaliptycznej Afryki i obejmuje kontrolę nad dwójką bohaterów. Pierwszym z nich jest doktor Mark Leslie, a drugą Pooch – czworonożna jednostka zwiadowcza, której opracowanie było możliwe głównie dzięki wykorzystaniu technologii pochodzącej z Penrose. Nadrzędnym zadaniem maszyny jest gromadzenie danych na temat odwiedzanych miejsc i spotykanych przez nią organizmów, a jej czysto naukowe i logiczne podejście do wielu zagadnień nierzadko irytuje Marka, czemu daje on upust w dialogach doprawionych solidną dawką humoru. Ważną postacią jest również brat naukowca – starszy sierżant Don Leslie, były Marine i weteran wojny w Wietnamie.